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额勒亨额妥为照料。寻病殁，由驻藏大臣穆腾额奏驻藏守备童星魁前往护送。三年，达赖以发逆滋扰各省，虔诚念经，祷贼匪速灭，奉旨嘉奖。四年十月，理籓院议覆，淳龄奏达赖年已及岁，应宜任事。得旨：“达赖明年既已及岁，一切事务交伊掌管。所有赏给前辈之玉册、玉印，凡遇吉祥之事准其钤用，如常事仍用金印，以示广兴黄教至意。”五年正月，遵旨掌管政教事务。十二月，在布达拉圆寂，年十八。
十二辈阿旺罗布罗丹贝甲木参称嘉穆错，于咸丰六年在沃卡坝卓转世。八年正月，奏明在金奔巴瓶内掣定。九年七月，迎至布达拉坐床。赏达赖之父彭错策旺公爵。先是三年四月，廓尔喀商人与察木多番商索债起衅，聚众械斗，互有杀伤，经驻藏大臣穆腾额照夷例分别罚款完案。嗣因多收税米，阻挡商民，藉端与藏边失和，唐古特屡战不胜，宗喀、济咙、聂拉木等处均陷于贼。驻藏大臣赫特贺驰往后藏督办防剿事宜，命成都将军乐斌统汉土官兵继进。廓番闻大兵将至，惧，遣其噶箕来藏上表乞和，诏许罢兵。唐古特与廓尔喀议定约十条，唐古特每年给廓尔喀税课银二千两，廓尔喀将所占地方交还唐古特商上管理。同治元年，掌办商上事务埒徵呼图克图因减放布施，连同色拉寺与布赉绷、噶勒丹两寺，不胜，藏中僧俗公斥之，携印潜逃赴京。诏黜其名号，不准转世。命诺们汗汪曲结布协理商上事务。汪曲结布者，原系俗装，曾为噶卜伦，即俗所谓“沙扎噶隆”是也。因与埒徵忤，辞官削发为僧，至是复起用。乃创修拉萨城垣，自西而东，工未竣而殁，遂罢役。初，驻藏官兵自游击以下，均聚居扎什敦布营房。时驻藏大臣满庆以藏中屡不靖，命迁拉萨市，从此僦屋而居。扎什城之营房遂废。三年，噶勒丹池巴罗布藏青饶汪曲为达赖传授小戒。
瞻对逆番久围里塘，梗塞驿路，其酋工布朗结复令期美工布大股逆贼至巴塘、里塘交界之三坝地方，劫去粮员行李，抢夺由藏发出摺报公文。其格吉地方亦有告急夷信。工布朗结曾于道光末，经前任川督琦善带兵往剿，并未荡平。以瞻对归各土司侵地，奏予工布朗结职，罢兵。至是益无畏惧，将附近土司任意蚕食，川、藏商贾不通，兵饷转运难艰，汉、番均困。驻藏大臣满庆派番员徵兵借饷，并约三十九族调集各处土兵，防剿瞻对西北，川督骆秉章派员督饬打箭炉及巴、里各文武，同明正土司及大小金川等土司兵进攻其东南。而藏中所派之兵甫至巴塘，旋即抢掠，诏令撤回。至四年，事平。奉旨将上、中、下三瞻地方赏给达赖管理，建庙焚修。赏达赖之兄伊喜罗布汪曲承袭公爵。七年，亲至前藏攒招。八年，捐修扎林噶舒金塔。十年，亲往布赉绷、色拉二寺熬茶讲经。十二年，亲至前藏攒招。是年二月，遵旨接管政教事务。十三年及光绪元年，均亲至前藏攒招。元年三月，在布达拉圆寂，年二十。
十三世阿旺罗布藏塔布克嘉穆错，于光绪二年五月在达布甲擦营官属下朗赖家转世，至是呼毕勒罕访获，班禅率同有职各僧俗人等出具图记公禀，恳请驻藏大臣松溎代奏。奉旨毋庸入瓶签掣，即定为达赖之呼毕勒罕。四年正月，在贡汤德娃夫由班禅披？授戒，取定法名。六月，迎至布达拉坐床，销去呼毕勒罕名号。赏达赖之父工噶仁青公爵，宝石顶、孔雀翎。八年正月，由正师傅济咙呼图克图传经授戒。
十年，因攒招，各处喇嘛麕集，与巴勒布商人购物起衅，将巴商八十三家全行劫毁。廓尔喀因索偿损失银三十馀万两，并集兵挟制。驻藏大臣色楞额奏派汉、番委员前往开导，晓以恩威，始允减为十八万有奇。除唐古特商上捐筹及清出货物抵价外，尚不敷银六万七千馀两，奉旨由四川拨给。十一年，亲至前藏攒招。十四年，工噶仁青故，赏达赖之兄顿柱夺吉公爵。是年亲往布赉绷、色拉寺熬茶讲经。十五年，亲至前藏攒招。
当达赖降生之年，哲孟雄与布鲁克巴部长因英并印度，与哲、布接壤，渐有窥藏心，籥请筹备。而廷旨不甚注重，谓披楞头人现向布鲁克巴部长租地修路，意欲来藏通商。惟布鲁克巴与哲孟雄毗连，哲孟雄既已认租修路，难保不暗中勾结引进，诏松溎相机开导，务令各守疆界，劝谕阻回。哲人知中朝不知边情，反疑其勾结滋事，于是渐昵英人，以捻都纳为英租界，英竟视为保护地。藏人渐觉英之逼己，讼言哲人私结英约，屡议伐之，哲乃益亲英人矣。
光绪十三年，藏人于隆吐设卡，遂与印度兵战，败焉。朝旨屡谕驻藏大臣文硕，令藏人撤卡。文硕奏，实藏地，卡无可撤。严旨责焉，以升泰代之。总署与英使议边界通商，戒印兵毋进藏。藏番据新图，以隆吐、日纳宗为藏地，坚勿让。文硕据以入告，而中旨谓：“向来西藏图说藏地与哲、布分界处东西一线相齐，藏境中并无隆吐、日纳宗之名。今文硕寄来新图，隆吐、日纳宗在藏南突出一塊，插入哲、布两界之内，而布、藏分界之处，恰在捻都纳修路东西一线之北，新图以黄色为藏界，而日纳宗官寨之地，註明数十年前喇嘛给与哲孟雄，现仍画黄色，正与隆吐山相近，难保非藏人多画此一段饰称现界也。并著升泰详细确查，究竟隆吐属哲属藏，据实覆奏，毋得稍有捏饰。”时枢廷以都察院劾文硕，革之。而升泰初到任时，犹知藏人理直，奏称：“隆吐山南北本皆哲孟雄地方。英人虽视为保护境内，其实哲孟雄、布鲁克巴皆西藏籓属。每届年终，两部长必与驻藏大臣呈递贺禀，驻藏大臣厚加赏赉以抚绥之。在唐古忒，则自达赖喇嘛以次，均有额定礼物，商上亦回赏缎疋、银、茶，与两部回信底稿，均呈送驻藏大臣查核，批准照缮，始行回覆。哲、布两部遇有争讼，亦禀由藏酌派汉、番办理。此哲、布为藏地属籓实在情形也。”奏上，置弗理。
藏人知文硕被议，不直中朝所为，遂自动思复仇。谕升泰严止之，佥愤。藏人誓众曰：“凡我藏众男女，誓不与英人共天地。有渝此誓，众共殛之！”乃大集兵于帕克哩，将痛击印军。升泰搜得乾隆五十三年旧哲孟雄受逼于廓尔喀，达赖乃以日纳宗给哲人；今哲私通英人，地应收回。升泰屡谕不从，印兵攻热勒巴拉山，藏兵伤亡数百。印兵追入徵毕岔，印度政府令勿穷追。谕驻藏大臣赴边界与印官会晤。英外部告驻英使刘瑞芬商议和平了结。藏人谓英若据有哲地，则誓不共立。十四年八月，印兵大队收哲孟雄全部，攻藏兵于捻都纳，藏兵败退，咱利、亚东、朗热诸隘并失，藏兵万馀尽溃。印兵追噶卜伦等于仁进冈，与驻藏大臣所遣止战武员萧占先遇。占先竖汉字阻印兵，印兵止枪，约相见。占先约勿穷追，印兵官欲击仁进冈民居。占先告以此为中国土，藏番违旨用兵，中国当严为处置，请勿进兵。印兵官诺之，要约速办，乃退兵。藏兵既大败失地，仍志在复仇，升泰屡严止之，不听。藏人目汉官为洋党，屡欲暴动，终为所慑而止。印官以天寒不能再缓，升泰即至边界议约，而藏众以噶卜伦中一二人主和，有坏黄教，群议投之藏江，力要驻藏大臣代索回哲孟雄、布鲁克巴全境，否则倾众一战。藏兵复集大队备四路。升泰抵藏力阻之，仍百计谕藏僧戒藏番毋妄动，乃驰赴边界议约。
时沍寒，人马多冻毙。抵帕克哩，隘外藏兵尚有万人驻仁进冈。升泰命撤退，藏官言大臣尚未与印官晤，未敢遽撤，乃退扎数十里。哲孟雄部长命其弟来谒，言来见为印兵所阻。升泰与英官保尔会于纳荡。英官言：“哲孟雄与印度互立约已二十七年，应归印度保护。藏与印构兵，藏既屡败，我兵何难长驱卷藏全土？以邦交故。按兵静候。”并索藏赔兵费。升泰言：“哲为藏属。从前印、哲立约，并未见印督照会。藏番亦未赴印境滋扰，藏费无名。”英人又在布鲁克巴及后藏干灞修路，藏人又大震。英官要求甚奢，升泰力折之，藏人渐就范。
升泰屡要英撤兵，英不可。而藏众已成军之三大寺僧兵，及驻仁进冈之兵万馀，皆撤退。噶卜伦及领袖僧官十馀，其他番官数十员，随升泰至边，皆驻仁进冈，不敢与英官晤。升泰以哲事未能即竣，大雪封山，运粮无所，亦退驻仁进冈。总署派英人赫政赴藏充通译。哲孟雄部长之母率所属亲族连名上禀，言英官当年立约，不得过日喜曲河。哲孟雄租地与英，岁应纳一万二千圆。英人倚其国势，岁久不给。印、藏构衅，复致殃及。伊母子亲族实不原归英，乞勿将哲境划出版图之外。英人既掠哲地全境，复押哲部长安置噶伦绷，以重兵驻哲境，招印度及廓尔喀游民辟地垦荒。廷议以哲事无从挽救，虑梗藏议，谕升泰勿许。布鲁克巴地数倍哲孟雄，西人呼为布丹国，光绪间尚入贡。升泰至边，部长遣兵千七百人护卫。升泰虑为英口实，谢去。并乞印绶封号，升泰允代请诸朝。藏、哲旧界本在雅纳、支木两山。其后商人往来之咱利为新辟捷径，西人称热勒巴勒岭。升泰议于咱利山先分藏、哲界以符前案，其印、哲之界在日喜曲河，拟于约中注明。印、哲立约在咸丰十一年，无案可稽，寘勿论。哲部长土朵朗思，印度称为西金王，既被幽于噶伦绷，其母及子尚居春丕，即英人所称徵毕也。印营假部长书取其两子赴噶伦绷，部长母坚不可，挈其两孙至升泰营哭诉；丐中朝作主，升泰无以援之也。英人又欲易置其部长，升泰婉止之。赫政阻雪久不达。
十五年二月，藏兵尽撤归，升泰请总署告英电印兵速撤。三月，赫政至边，藏兵尽撤。藏人言藏、哲本有旧界，日纳宗既赐哲孟雄，其隆吐山之格压倾仓地实有藏人游牧场，确为藏、哲旧界。至咱利山本无鄂博，不过上年实于此限止印人耳。通商极非所原，然不敢违朝命。惟咱利以内，洋人万不可来。赫政赴营与议，英人谓咱利之界万不可移，至哲孟雄与商上及驻藏大臣旧有礼节，均可仍之。惟西金界内藏番不得有此权，允此方可开议。升泰诺焉。印兵既撤退，英人尚久不订约。升泰奏云：“闻藏人言，与有仇之英议和，孰若与无仇之俄通好？俄人前次来藏，我等备礼劝阻，俄即退去。今英谋吾地，偶尔战胜，遂恣欺凌，实所不甘。查去年俄人有由和阗至藏之请。如英再延宕，则藏更生心。本年蒙古人由草地礼佛，络绎不绝，随来者颇类俄人。设藏番私与通款，则稽查不易。边事久不定局，俄或私行勾结藏番，英、俄互相猜忌，则后患方长。乞告英使电催印督速定藏约。”十月，升泰奏：“英人拟撤兵之后，悉照向章，不必办理通商，不必另立新约。通商一事，本英官初次会议即行提出。又屡言西人欲至藏贸易，答以番情疑诈，万难办理，然后许至江孜。力言再四，又许退至帕隘。仍复力拒，英官意拂然。彼时首重通商，否则万难了结。臣力谕藏番，通商万不可免，始据藏番出具遵结。今英人忽不言通商，亦自有故。当日英人深知藏番于此事力拒数年，意谓藏番必不遵行，故借以为难。今知出结遵办，恐定约以后，他国援以为请，则藏地不能入其范围，是以忽议中止。然英人不议通商，藏人实所深原，但能不自启衅端，未尝不可暂保无事。俄人亦不能有所干求，目前亦可免生枝节。惟日后防范宜严，未可再涉疏懈。现藏、印均已退兵，前怨已释，自应彼此立约以昭信守。彼族恐一经定约，即不能狡焉思逞，故任意延缓。惟自入夏至今，旷日持久，虚糜时日，万难再延。请速商英使，迅电印督，速行议结。”哲孟雄部长言原弃地居春丕，升泰止之。
十六年二月，以升泰为全权大臣，与印督定约八款：自布、坦交界之支英挚山起，至廓尔喀边界止，分藏、哲界线；承认哲孟雄归英保护；藏印通商、交涉、游牧三款俟议；签约于印度孟加拉城；钤印后，由大臣薛福成在伦敦互换。五月，给布鲁克巴部长印。十七年三月，升泰奏移设纳金要隘。八月，升泰奏称改关游历等部，藏番不遵开导，请仍在亚东立市。下所司知之。
十九年十月，派四川越巂营参将何长荣、税务司赫政与英国政务司保尔在大吉岭议定藏印通商交涉游牧条约九款：开亚东为商埠，听英商贸易，添设靖西？同知监督之，印政府派员驻扎，察看商务；自交界至亚东，任英商随意来往；藏界内英人与中、藏人民诉讼，由中国边界官与英员商办；印度递驻藏大臣文件，由印度驻哲孟雄之员交中国边务委员驿递；藏人至哲孟雄游牧，遵英国定章，与原约一律奏行。此约既订，藏人以通商事英人独享权利，而游牧事藏人反受限制，于亚东开埠之事不肯实行。
二十一年正月，荣增正师傅普尔觉沙布咙为达赖传授格隆大戒。是年掌办商上事务前荣增师傅第穆呼图克图因病辞退。十一月，遵旨接管政教事务。二十四年，瞻对与川属明正土司构辞，四川总督鹿传霖奏明派兵攻取瞻对，成都将军恭寿、驻藏大臣文海先后奏陈，而达赖亦密遣喇嘛罗桑称勒等赴京呈诉。于是朝廷俯顺番情，命将三瞻地方仍赏还达赖，毋庸改归四川管理。是年，亲赴色拉、布赉绷、噶勒丹三大寺熬茶讲经。二十五年，亲往前藏攒招。二十六年，杀其前掌办商上事务荣增正师傅第穆呼图克图阿旺罗布藏称勒饶结及其弟洛策等。第穆所居之阐宗寺财产，全行查抄入己，并咨请驻藏大臣裕钢代奏，将第穆呼图克图名号永远革除。是年，亲赴南海、琼科尔结等处熬茶讲经。
二十九年，藏、英以争界故，英兵进藏。初，达赖误以俄罗斯为同教，亲俄而远英。虽两次与英议定条约，迄未实行。俄员某伪作蒙古喇嘛装束，秘密入藏，为达赖画策，购置火器，意图抗英，英虽侦知之而无如何也。至俄方东困于日本，不暇远略，英遂藉事称兵。诏裕钢往解之。达赖恃俄员为谋主，不欲和，思与英人一战，乃止裕钢行，弗使番民支乌拉夫马，并调集各路番兵。西藏番兵以乍丫为强，然无纪律。甫抵拉萨，即围攻驻藏大臣衙署，死者数十人。后经藏官弹压，开往前敌，未交绥，均溃变，由小路逃去。时藏兵屡败，英兵日迫。诏解裕钢任，寻革职。驻藏大臣有泰至藏，英军犹驻堆补，约赴帕克里议和，照十六年条约办理，原即休兵。有泰初与达赖商，原自往阻英兵，达赖尼之，然亦无他策，惟日令箭头寺护法诵经诅咒英兵速死而已。既而有泰藉口商上不肯支应乌拉，不能启程，仅以李福林往，怯不进。英军至江孜，盼有泰赴议，有泰仍不敢行，藏人怨之。未几，英人长驱直入，达赖闻知大惧，先一日以印授噶勒丹寺噶卜伦，仓皇北遁至青海。有泰以达赖平日跋扈妄为，临时潜逃无踪，请褫革达赖喇嘛名号。
荣赫鹏既得志，因列条约十款，迫噶勒丹寺噶卜伦罗生戛尔等签约于拉萨：一、西藏允遵守光绪十六年中、英条约，并允认该第一款哲、藏边界；二、江孜、噶大克、亚东三处开为商埠；三、四从略；五、自印边该江孜、噶大克各通道不得阻碍；六、七从略；八、印边至江孜、拉萨之砲台山寨一律削平；九、以下五端，非得英国允许，不能举办：一西藏土地不准租让与他国，二他国不准干涉西藏一切事宜，三他国不得派员入藏，四路矿电线及别项利权不许他国享受，五西藏进款货物钱币等不许给与各外国抵押拨兑。有泰往见荣赫鹏，自言无权，受制商上，不肯支应夫马，荣赫鹏笑颔之。英人即据为中国在藏无主权之证。
其先有泰电外务部，言番众再大败，即有转机。英军进拉萨，图压服藏众。及英军至，与藏定约，诱有泰画押，朝旨切责之。春丕暂住英兵，俟应偿兵费二百五十万卢比缴清即行撤退。朝廷以藏约损失之权太甚，命津海关道唐绍仪以三品卿加副都统衔赴藏全权议约。时议以藏事危急，宜经营四川土司，及时将三瞻收回，谕川督锡良等筹办。锡良拟改土归流，泰宁寺喇嘛以兵抗。朝命驻藏帮办大臣凤全驰往剿办，至巴塘，为番众所戕。锡良奏派四川建昌道赵尔丰会同四川提督马维骐往。三十一年六月，马维骐克复巴塘，赵尔丰继至，接办善后事宜，并搜捕馀匪，全境肃清。十一月，以里塘属之乡城桑披岭寺尝戕官弁，稔恶不法，派兵往讨。翌年闰五月，克之，擒其渠魁，并克同恶之稻坝、贡噶岭。诏以赵尔丰为边务大臣。八月，至里塘，将里塘土司改流，以防军五营分驻里、巴改流之地。十二月，盐井河西腊翁寺为乱，讨平之。
三十三年正月，草创学务、农垦、水利、桥梁、采镰、医药诸要政，粗具规模，设里化、定乡、巴安等县，并将应行兴革诸大端次第陈奏，得部拨开办经费一百万两。三十四年七月，会同川督赵尔巽奏设康安道，改打箭炉为康定府，设河口县，里化？同知，稻成县、贡噶岭县丞，巴安府、三霸？通判，定乡县、盐井县，并招募西军三营。是秋因德格土司兄弟争继，奏明往办。十二月，至德格，匪党退保维渠卡，赵军进攻，至翌年六月降之。德格肃清，土司请纳土改流，乃招集百姓议定赋税。九月，春科、高日两土司及灵葱土司之郎吉岭均改流，又渡金沙口巡阅春科地方。十月，三十九族波密内附，八宿请改官，均抚循之，并派兵驱剿类伍齐、硕搬多、洛隆宗、边坝阻路之番人，遂分兵取江卡、贡觉、桑昂、杂瑜，咸收服之。
宣统二年正月，边军越丹达山以西，直抵江达。是时川军正拟入藏，特为声援，并奏请与藏人于江达画界，设边北道、登科府、德化州、白玉州、同普县、石渠县，遂巡阅乍丫、烟袋塘、阿足，设乍丫委员。定乡兵变，派凤山讨平之。三岩野番索战，派傅嵩矞讨平之，设三岩委员。二月，以巴塘属之得荣、浪藏梗命，派兵攻克之，设得荣委员，并收服浪藏寺北之冷石卡。嗣赵尔丰督川，以傅嵩矞代理边务大臣。五月，赵尔丰、傅嵩矞以兵至孔撒、麻书，收其地，设甘孜委员，并檄灵葱、白利、倬倭、单东、鱼科、明正各土司缴印，改土归流。色达及上罗科野番来投。六月，至瞻对，逐藏官，收其地，设瞻对委员。旋返打箭炉，檄鱼通、卓斯各土司缴印改流，又收复咱里、冷边、沈边三土司。鱼科土司抗不缴印，击破之，鱼科降。于是傅嵩矞以边地各土司先后改流，已成行省规模，乃建议，以为川边故康地，其地在西，设行省曰西康，建方镇以为川、滇屏蔽。以边务大臣为西康巡抚，改边务支局为度支司，关外学务局为提学司，康安道为提法司，边北道为民政司。自打箭炉以西至丹达山，三千馀里，南抵维西、中甸，北至甘肃西宁，四千馀里，均为西康辖境。既入奏，于是年七月，崇喜、纳夺土司先后缴印。八月，又传檄察木多、乍丫两呼图克图改流设理事官，于是西康全局遂以底定。嗣值鼎革，川局又变，建省之议卒不果行。
当唐绍仪之议约也，于光绪三十一年正月至印度，与英议约专使费利夏会议多次。英使讳言废约，允商订修改。绍仪易其七八，费谓无异废约，坚拒焉。费虽名全权，而约事多主于印度总督冠仁，绍仪面揭之，费乃允商。第九款又力辨主国、上国之据，狡展不让，乃借辽沈议约事奉命回京，留参赞张廕棠在印接议。英仍坚持初议，卒无结果。会英内阁更易，宗旨稍变，驻京英使萨道义接英政府训，将条约稿稍有更易，命在京外务部商订。政府以西藏与英属印度接壤，历年边界交涉，争端屡起，中国两次与英订约，无非以睦邻之计为固圉之谋，英新政府既有意转圜，仍饬该使臣在京续商。在我自当早图结束，以保主权，因由唐绍仪与英使萨道义订定藏、印续款六款：一光绪三十年七月英、藏所立之约暨英文、汉文约本，附入现立之约，作为附约，彼此允认，切实遵守，并将更订批准之文据亦附入此约。如遇有应行设法，彼此随时设法，将该约内各节切实办理。二英国国家允不占并藏境及不干涉西藏一切政治，中国国家亦应允不认他外国干涉藏境及一切内治。三光绪三十年七月英、藏所立之约第九款内之第四节所声明各项权利，除中国独能享受外，不许他国国家及他国人民享受。惟经与中国商定在该约第二款指明之各商埠，英国应得设电线通报印度境内之利益。四所有光绪十六、十九年中国与英国所定两次藏、印条约，其所载各款，如与本约及附约无违背者，概应切实施行。五、六从略。以挽救前约之失，藏应偿兵费一百二十馀万两。朝廷允代筹还，英人始无辞，于北京签押。旋有泰被言官弹劾，诏五品京堂张廕棠前往查办。有泰及其随员均获罪，褫革谪戍有差。
廕棠入藏，三十二年，专办开设商埠事。时英军尚驻春丕，照约俟三埠开妥、赔款清交始撤兵，故开埠尤亟亟也。三十四年，政府以光绪三十二年附约第三款内载中、英条约所有更改之处另行酌办等语，特派张廕棠为全权大臣，与英专使韦礼敦议订藏、印通商章程十五款。其要者：二划定江孜商埠界线。四英、印人民与中、藏人争论，由英商务委员与中、藏官员会同查讯，面议办法。六英军撤退后，印边至江孜一路旅舍，由中国赎回，所有电线，俟中国电线接修至江孜后，亦酌量售与中国。八已开及将开各埠，英商务委员因往来印边界文件，得用传递夫役。又英国官商雇用中、藏人民作合法事业，不得稍加限制。九凡往来各商埠之英官民货物，应确循印、藏边界之商路，不得擅经他处。十英国人民可任便以货物或银钱交易，任便将货物出售，或购买土产，不得限制抑勒。此约除中、英签押外，并有西藏噶卜伦汪曲结布随同画押。实开三方并列先例，藏局又为一变。厥后英、藏交涉日繁，而政府抚驭藏番，既有英、藏拉萨之约在先，其事益臻艰困。至宣统季年，遂有经略川边及达赖二次出亡之事。
自光绪三十年达赖与英境启衅战败出奔后，卓锡于库伦，意在投俄，而与哲布尊丹巴呼图克图不睦。经库伦办事大臣德麟电奏乞援，诏西宁办事大臣延祉俟过冬后迎护至西宁。而达赖又欲在代臣王旗小住，廷旨以王旗部落甚小，达赖随带人众，恐难供亿。翌年，侨居塔尔寺，又与阿嘉呼图克图同居一处，积不相能。陕甘总督升允奏：“达赖性情贪啬，久驻思归，应否准其回藏？”得旨：“俟藏务大定，再行回藏。”而调阿嘉来京以和解之。旋由西宁往五台山，折而至京，觐见于仁寿殿，如顺治朝，优礼有加。三十四年十月，以万寿节率徒祝嘏，特加封号，以昭优异。懿旨曰：“达赖喇嘛业经循照旧制，封为西天大善自在佛，兹特加封为诚顺赞化西天大善自在佛，并按年赏给廪饩银一万两，由四川籓库分季支发。达赖喇嘛受封后，即令仍回西藏，经过地方，派员妥为照料。到藏以后，当确遵主国之典章，扬中朝之信义，并化导番众，谨守法度，习为善良。所有事务，依例报明驻藏大臣，随时转奏，恭候定夺，期使疆宇永保治安，僧俗悉除畛域，以无负朝廷护持黄教、绥靖边陲至意。”旋以国有大丧，受封未便举行。达赖以不服水土请，诏令先行起程，至塔尔寺受封。又值停止筵宴之时，未便设饯，仍派大臣护送，如来时礼节。至西宁，即请将阿嘉斥革，并以此事为回藏之要挟。达赖聘练兵教习十馀人，影射蒙古，实系俄人，多购军火回藏。
初，张廕棠以西藏地当冲要，英、俄环伺，自非早筹整顿，难以图存。建议以汉员指挥，另派北洋新军入藏，分驻要塞，以厚声援。驻藏大臣联豫疏陈藏中情形，亦有派遣军队之请。会川边藏番扰乱，进攻三崖。三崖者，本巴塘属地，与德格、多纳两土司接壤，向归川省管辖。乃藏番察台三大寺无端派番官带兵占据上崖，调渣鸦、江卡各土司助兵，逼勒崖夷投降，并遍肆煽惑，打箭炉一带均为震动。同时瞻对番官句结德格土司之弟为乱，逐其兄。炉城文武据报，派麻书土千总江文荃查办，均被围困。经川督入奏，廷议以三崖、德格均系川境，番官竟敢纠众侵逼，再事优容，恐番焰日张，土司解体。命川督会同赵尔丰相机筹办。尔丰电奏力主用兵，并称此次藏番与达赖有关系，请饬达赖传谕退兵。乃饬达筹、张廕棠诘问，达赖答词闪烁，意涉支吾。政府以达赖纵肯戒饬番众，而万里遗书，需时甚久，三崖等处被攻正急，何能久待，遂电尔丰进剿。
三十四年冬，番兵调集益众，近逼盐井，并声言索战。虽经川军击败，番众仍未退卻，扬言阻止赵尔丰入藏。政府以藏番举动，显系有恃不恐，藏地介在强邻之间，意存首鼠，自非设法经营，无以保我边圉。因思光绪三十三、四年间联豫等条陈有善后办法二十四条，创财政、督练、路矿、盐茶、学务、巡警、农务、工商、交涉九局，拟即采择试办。但无兵不敷弹压，多名又恐难相安，拟先设兵三千。其一千由川督就川兵挑选精锐，厚给饷械，派得力统领率之入藏，归驻藏大臣节制调遣。馀二千由驻藏大臣就近选募，另调川中哨弁官长，俾任训练统率之事，以期持久。联豫、赵尔巽覆奏赞其议，遂派知府锺颖统领川兵，于宣统元年六月启程入藏，取道德格，绕过江卡至察木多。藏番在恩达、类乌齐一带，拟聚兵堵截。十一月，川军抵类乌齐，藏番不战自退，川军遂由三十九族间道前进。十二月，抵拉里、江达。番兵闻川军且至，焚其积聚，劫杀汉兵扼守。川军进击，大破之。
达赖自光绪三十四年由西宁入觐，出京回藏，沿途逗留，又绕道德格等处，迁延不进，其冬，始回拉萨。二年正月，达赖闻川军将至，乘夜西奔，潜赴印度，川军遂转战入藏。朝廷得联豫奏报，降旨数达赖罪恶，革去名号，一面责成联豫、赵尔丰会筹防务，安辑军民；一面降旨另访呼毕勒罕，以噶勒丹池巴罗布藏丹巴代理商上事宜，其噶卜伦以下各藏官供职如故，藏中僧俗亦安堵无事。是年三月，联豫请于曲水、哈拉乌苏、江达、硕般多及三十九族各设委员一。三年二月，联豫奏裁驻藏帮办大臣，改设左右参赞，以罗长崟、钱锡宝为之。会波密事起，联豫遣锺颖攻之不克，旋遣罗长崟会赵尔丰军平之。其秋，川军变，逐联豫，推锺颖代之，达赖始乘机重回拉萨。以此次出奔深赖英人保护，态度一变，于是逐锺颖而独立，中、英之交涉益纷纭矣。
班禅第一辈凯珠巴格勒克，为宗喀巴二弟子。出世至第五辈罗布藏伊什，仍号班禅呼图克图。康熙三十四年，命御史锺申保等赉敕召来京，前藏第巴桑结以未出痘辞。五十二年，诏以班禅为人安静，精通经典，勤修贡职，封为班禅额尔德尼，颁发金印、金册。六辈罗布藏巴勒垫伊西，乾隆四十三年，请祝七旬万寿，许之。迎护筵宴诸礼，概从优异，如顺治九年达赖来觐例。四十五年八月，在热河祝嘏，至京居西黄寺。是年颁赐玉印玉册，以痘圆寂。命理籓院尚书博清额为驻藏办事大臣，护送舍利金龛回藏。
第七辈罗布藏巴勒垫丹贝宜玛，五十三年，以廓尔喀扰边，命移泰宁，俟平复归后藏。道光十五年，给金册。二十一年，以接济征森巴兵饷，加“宣化绥疆”封号。咸丰元年，赉七旬寿，如六旬所赐。次年，圆寂，年七十三。
第八辈罗布藏班垫格曲吉札克丹巴贝汪曲，年二十九。至第九辈罗布藏吐巴丹曲吉宜玛格勒克拉木结，光绪十八年正月，迎至扎什伦布坐床，赏其外祖父期差汪布本身辅国公。三十一年，英人入藏，诏班禅留后藏镇摄。十一月，班禅随英皇子游历印度，有泰劝阻，不从。十二月，由印回藏，谕以情词恭顺，原擅行出境之咎勿治，谆令恪供职守。张廕棠奏班禅受英唆使，屡与达赖牴牾，而全藏实权仍归达赖替身掌握。电告外务部，请以恩泽笼络班禅，并羁縻达赖，勿急旋藏。既而达赖将由西宁起程，班禅请自迎之，而实不行。达赖抵拉萨，班禅即请觐。谕训联豫等，班禅来京，于藏中情形是否相宜。其后达赖独立，班禅亦不克安于藏矣。
统计达赖所辖寺庙三千五百五十馀所，喇嘛三十万二千五百有奇，黑人十二万一千四百三十八户。班禅所辖寺庙三百二十七，喇嘛万三千七百有奇，黑人六千七百五十二户。西藏有爵五：辅国公三，一由贝子降袭，一由镇国公降袭，一定世袭；一等台吉扎萨克一；一等台吉一。而达赖、班禅之亲以恩封者不与。凡前后藏官，均由驻藏大臣分别会同达赖、班禅选补。前藏唐古特官，噶卜伦四人，三品，为总办藏务之官，其俗称之曰“四相”议事之所曰噶厦。其次仔琫及商卓特巴各二人，皆四品。业尔仓巴二人，朗仔辖二人，协尔帮二人，硕第巴二人，皆五品。达琫二人，大中译二人，卓尼尔三人，皆六品。仔琫、商卓特巴为商上办事之官。凡喇嘛谓库藏出纳之所曰商上。业尔仓巴为管粮之官，朗仔辖为管街道之官，协尔帮为管刑名之官，硕第巴为管理布达拉一带番民之官，达琫为管马厂之官，大中译、卓尼尔等为噶厦办事之官。管兵者曰戴琫，六人，四品。如琫十二人，五品。甲琫二十四人，六品。定琫一百二十人，七品。多东科尔族任之。
其治理地方者曰营官。前藏大营十：曰乃东，曰琼结，曰贡噶尔，曰仑孜，曰桑昂曲宗，曰工布则冈，曰江孜，曰昔孜，曰协噶尔，曰纳仓，营官皆五品。后藏大营三：曰拉孜，曰练营，曰金龙，营官皆五品。前藏中营四十三：曰洛隆宗，曰角木宗，曰打孜，曰桑叶，曰巴浪，曰仁本，曰仁孜，曰朗岭，曰宗喀，曰撒噶，曰作冈，曰达尔宗，曰江达，曰古浪，曰沃卡，曰冷竹宗，曰曲水，曰突宗，曰僧宗，曰杂仁，曰茹拕，曰锁庄子，曰夺，曰结登，曰直谷，曰硕般多，曰拉里，曰朗，曰沃隆，曰墨竹宫，曰卡尔孜，曰文扎卡，曰辖鲁，曰策堆得，曰达尔玛，曰聂母，曰拉噶孜，曰岭，曰纳布，曰岭噶尔，曰错朗，曰羊八井，曰麻尔江。后藏中营十四：曰昂忍，曰仁侵孜，曰结侵孜，曰帕克仲，曰翁贡，曰干殿热布结，曰扎布甲，曰里卜，曰德庆热布结，曰央，曰绒错，曰葱堆，曰胁，曰干坝，营官皆六品。前藏小营二十五：曰雅尔堆，曰金东，曰拉岁，曰撒拉，曰浪荡，曰颇章，曰札溪，曰色，曰堆冲，曰汪垫，曰甲错，曰拉康，曰琼科尔结，曰蔡里，曰曲隆，曰扎称，曰折布岭，曰扎什，曰洛美，曰嘉尔布，曰朗茹，曰里乌，曰降，曰业党，曰工布塘；后藏小营十五：曰彭错岭，曰伦珠子，曰拉耳塘，曰达尔结，曰甲冲，曰哲宗，曰擦耳，曰晤欲，曰碌洞，曰科朗，曰哲喜孜，曰波多，曰达木牛厂，曰冻噶尔，曰札茹；营官皆七品。而前藏边营十四：曰江卡，曰堆噶尔本，曰噶喇乌苏，曰错拉，曰帕克里，曰定结，曰聂拉木，曰济陇，曰官觉，曰补仁，曰博窝，曰工布硕卡，曰绒辖尔，曰达巴喀尔，营官皆五品。每营营官一人或二人，以喇嘛、黑人参任之。
喇嘛之有游牧者，东起乍丫达呼图克图，与四川打箭炉所属土司接，其西为察木多吧克巴拉呼图克图，又西为硕般多喇嘛，又西为类乌齐呼图克图，硕般多、类乌齐之北，皆与西藏大臣所属土司接。硕般多之南，为八所喇嘛，又南为工布什卡喇嘛。类乌齐之西，为墨竹宫喇嘛，又西为噶勒丹喇嘛。类乌齐之西北，为赞垫喇嘛，介居西藏大臣所属各土司之间，其西为埒徵喇嘛。噶勒丹之西为色拉喇嘛，西与布达拉接。噶勒丹之南，为琼科尔结喇嘛，其西为丈扎卡喇嘛，又西为松热岭喇嘛，又西为那仁曲第喇嘛，又西南为乃东喇嘛，北与布达拉接。乃东之西，为琼结喇嘛。布达拉之西北，为布勒绷喇嘛，又西北为羊八井喇嘛，其西为朗岭喇嘛，西与扎什伦布接。朗岭之南，为仁本喇嘛，其西南为江孜喇嘛，又西南为冈坚喇嘛。冈坚之西，为协噶尔喇嘛。协噶尔之西，为聂拉木喇嘛。朗岭之西，为撒噶喇嘛，又西为杂仁喇嘛。其直属于驻藏大臣者，有达木额鲁特八旗：在喜汤者四旗，在汤宁者二旗，在佛山者一旗，皆北倚布幹山，南与前藏接；在格拉者一旗，东北滨喀喇乌苏，西与后藏接。每旗置佐领一。
有三十九族土司：曰琼布噶鲁，曰琼布巴尔查，曰琼布纳克鲁，曰勒纳夥尔，曰色里琼扎尼查尔，曰色里琼扎参嘛布玛，曰色里琼扎嘛噜，曰木硃特羊巴，曰布米特勒达克，曰木硃特尼牙木查，曰木硃特利松嘛吧，曰木硃特多嘛巴，曰勒远夥尔，曰依戎夥尔移他玛，曰查楚和尔孙提玛尔，曰巴尔达山木多川目桑，曰嘛拉布什嘛弄，曰窝柱特只多，曰窝柱特娃拉，曰彭楚克夥尔，曰彭楚克彭他玛尔，曰彭楚克拉寨，曰盆索纳克书达格鲁克，曰沁体牙冈纳克书毕鲁，曰盆沙尼牙固纳克书色尔查，曰巴尔达穆纳克喜奔盆，曰纳格沙拉克书拉克什，曰洛克纳克书贡巴，曰三渣，曰三纳拉巴，曰扑旅，曰上阿扎克，曰下阿扎克，曰白猎扎嘛尔，曰上冈噶鲁，曰下冈噶鲁，曰上夺尔树，曰下夺尔树。皆土纳马赋，总之以夷情章京。
山之大者，曰冈底斯山，即昆仑，为东半球众山众水之祖；曰僧格山；曰郎千山；曰玛加布山；曰达木楚克山；曰朗布山；曰巴萨通拉木山；曰诺莫浑乌巴什山，是三山即三危。川之大者，曰鄂穆河，下游为澜沧江；曰喀喇乌苏河，即黑水，下游为潞江；曰薄藏布河；曰雅鲁藏布江，亦曰大金沙江；曰朋楚河；曰冈噶江。泽之大者，曰玛帕本达赖池，曰郎噶池，曰牙毋鲁克池，曰腾格里池，曰牙尔佳池。其物产自靖西东之堆朗至萨马达一带，皆有五金煤矿。其金矿最著者，曰尔仓，曰噶大克。出盐最著者，曰勒牙，曰雅幹，凡十三。
其疆界西接印度之拉达克部，西南接洛敏汤、作木朗、廓尔喀诸部，南接哲孟雄、布鲁克巴各部及珞瑜茹巴之怒江，东接四川巴塘之南墩宁静山，东南接云南维西，东北接西宁所管之邦木称、巴彦诸土司，北至木鲁乌苏，接西宁所属玉树诸土司，西北至噶尔藏骨岔、阿尔坦诺尔一带，接新疆和阗、莎车。