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率同全家四十余口，到宫外申请，愿意全家入狱，代替袁崇焕出来。崇祯一概不准。
崇祯一定很清楚的知道，单凭杨太监从清军那里听来的几句话，就此判定袁崇焕有罪，那是不能令人信服的，何况这“群英会蒋干中计”的故事，人人皆知。皇帝而成了大白脸曹操，太也可羞。这时发生了一件奇怪的事：
御史曹永祚忽然捉到了奸细刘文瑞等七人，自称奉袁崇焕之命通敌，送信去给清军。这七名奸细交给锦衣卫押管。崇祯命诸大臣会审，不料到第二天辰刻，诸大臣会齐审讯，锦衣卫报称：七名奸细都逃走了。众大臣相顾愕然，心中自然雪亮，皇上决心要杀袁崇焕。锦衣卫是皇帝的御用警察，放走这七名“奸细”，自然是出于皇帝的密旨。猜想起来，那御史曹永祚本来想附和皇帝，安排了七名假奸细来诬陷袁崇焕，但不知如何，部署无法周密，预料众大臣会审一定会露出马脚。崇祯就吩咐锦衣卫将七名奸细放了，更可能是悄悄杀了灭口。
对于这件事，负责监察查核军务的御史兵科给事中钱家修向皇帝指出了严重责疑。崇祯难以辩驳，只得敷衍他说，待将袁崇焕审问明白后，便即派去边疆办事立功，还准备升他的官。崇祯这个答覆，其实已等于承认袁崇焕无罪。[1]
兵部职方司主管军令、军政，对军务内情知道得最清楚。职方司郎中（司长）余大成极力为袁崇焕辩白，与兵部尚书梁廷栋几乎日日为此事争执。当时朝廷加在袁崇焕头上的罪名有两条，一是“叛逆”，二是“擅主和议”。所谓叛逆，惟一的证据是擅杀毛文龙，去敌所忌。袁崇焕擅杀毛文龙，手续上未必完全正确，可是毛死之后，崇祯明令公布毛文龙的罪状，又公开嘉奖袁崇焕杀得对，杀得好，就算当真杀错，责任也是在皇帝了，已不能作为袁崇焕的罪名。[2]
嘉靖年间，曾有过一个类似的有名例子：在徐阶的主持下，终于扳倒了大奸臣严嵩、严世蕃父子。他父子入狱后，严世蕃十分工于心计，在狱中设法放出空气，说别的事情我都不怕，但如说我害死沈炼、杨继盛，我父子就难逃一死。三法司听到了，果然中计，便以此定为他的主要罪名。徐阶看了审案的定稿之后，说道：“这道奏章一上去，严公子就无罪释放了。”三法司忙问原因。徐阶解释理由：杀沈杨二人，是嘉靖皇帝下的特旨，你们说沈杨二人杀错了，那就是指责皇上的不是。皇上怎肯认错？结果当然释放严世蕃，以证明皇帝永远正确。三法司这才恍然大悟，于是胡乱加了一个“私通倭寇”的罪名，就此杀了严世蕃。
但崇祯对于这样性质相同的简单推论，竟完全不顾。
至于“擅主和议”，也不过是进行和平试探而已，并非“擅缔和约”。袁崇焕提出缔和建议而给朝廷否决，崇祯如果认为他“擅主和议”是过失，当时就应加以惩处，但反而加他太子太保的官衔，自二品官升为从一品，又赐给他蟒袍、玉带和银币。又升又赏，“擅主和议”这件事当然就不算罪行了。
这时关外的将吏士民不断到总督孙承宗的衙门去号哭，为袁崇焕呼冤，愿以身代。孙承宗深信袁崇焕是无罪的，极力安抚祖大寿，劝他立功，同时上书崇祯，盼望以祖大寿之功来赎袁崇焕之“过”。崇祯不予理睬。
有一个没有任何功名职位的布衣程本直，在这时候显示了罕有的侠义精神。这样的事，纵然在轻生重义的战国时代，也足以轰传天下。
程本直与袁崇焕素无渊源，曾三次求见都见不着，到后来终于见到了，他对袁钦佩已极，便投在袁部下办事，拜袁为老师。袁被捕后，程本直上书皇帝，列举种种事实，为袁崇焕辩白，请求释放，让他带兵卫国。这道白冤疏写得怨气冲天，最后申请为袁崇焕而死。[3]崇祯大怒，将他下狱，后来终于将他杀了，完成他的志愿。
大学士韩爌是袁崇焕考中进士的主考官，是袁名义上的老师，因此而被迫辞职。御史罗万爵申辩袁崇焕并非叛逆，因而削职下狱。御史毛羽健曾和袁崇焕详细讨论过五年平辽的可能性，因此而罢官充军。
当时朝臣之中，大约七成同情袁崇焕，其余三成则附和皇帝的意思，其中主张杀袁崇焕最力的是首辅温体仁和兵部尚书梁廷栋。
温体仁是浙江乌程（湖州）人，在《明史》中列于“奸臣传”。他和毛文龙是大同乡，一心要为毛报仇。梁廷栋和袁崇焕是同年，同是万历四十七年的进士，又曾在辽东共事。当时袁崇焕是他上司，得罪过他。他心中记恨，既想报仇，又妒忌同年袁崇焕升官太快，又要讨好皇帝。
崇祯身边掌权的太监，大都在北京城郊有庄园店铺私产，清兵攻到，焚烧劫掠，众太监损失很大，大家都说袁崇焕引敌兵进来。毛文龙在皮岛当东江镇总兵之时，每年饷金数十万，其中一大部份根本不运出北京，便在京城中分给了皇帝身边的用事太监和当朝有权官员。毛文龙一死，众太监与权臣这些大收入都断绝了。
此外还有几名御史高捷、袁弘勋、史（上范下土）等人，也主张杀袁崇焕，他们却另有私心。当袁崇焕下狱之时，首辅是钱龙锡，他虽曾批评袁崇焕相貌不佳，但一向对袁很支持。高捷等人在天启朝附和魏忠贤。惩办魏忠贤一伙奸党的案子叫做“逆案”，高捷、史（上范下土）等案中有名，只不过罪名不重，还是有官做。钱龙锡是办理“逆案”的主要人物之一。高捷一伙想把袁崇焕这案子搞成一个“新逆案”，把钱龙锡攀进在内。因为袁崇焕曾与钱龙锡商量过杀毛文龙的事，钱并不反对，只劝他慎重处理。“新逆案”一成，把许多大官诬攀在内，老逆案的臭气就可冲淡了。结果新逆案没有搞成，但钱龙锡也丢官下狱，定了死罪，后来减为充军。
满桂部队最初败退到北京时，军纪不佳，在城外扰民（因为城头开炮，不知是故意还是技术不佳，打死了不少满桂的官兵），北京百姓不分青红皂白，把罪名都加在袁崇焕头上。
个人的私怨、妒忌、党派冲突、谣言，织成了一张诬陷的罗网，最令人感到痛心的，是袁崇焕亲信谢尚政的叛卖。谢尚政是广东东莞人，武举，袁崇焕第一次到山海关、第一次上奏章就保荐他，说是自己平生所结的“死士”，可见是袁崇焕年轻时就结交的好朋友。他在袁的提拔下升到参将。袁杀毛文龙，就是这个谢参将带兵把毛部士卒隔在围外。兵部尚书梁廷栋总觉要杀袁没什么充分理由，便授意谢尚政诬告，答允他构成袁的罪名之后可以升他为福建总兵。谢尚政利欲熏心，居然就出头诬告这个平生待他恩义最深的主帅。