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诸清将歼灭云南吴军，陆续班师，到了北京，闻尚之信、耿精忠，亦已逮到治罪。
原来吴世璠败局已定，再加上尚之信护卫张永祥、张士选秘密赴京，揭发其谋叛罪。康熙帝速派刑部侍郎宜昌阿等赴粤调查，并于武宣逮捕尚之信，之后被赐死。
耿精忠亦为诸弟所劾，召至京师，交部议罪。大学士明珠上奏说：“耿精忠负恩谋反，罪过大于尚之信。”于是康熙帝下诏将耿精忠及其心腹死党白显忠、徐文耀、王世瑜等凌迟处死，范承谟之子范时崇分割其肉祭墓。
惟孙延龄妻孔四贞，为太后义女，且劝夫反正，先至京师声明，有旨实封郡主，禄赡终身。于是大赦天下，并减免用兵各省赋税。
三藩已平，中原十八省及关东三省，都属大清版图，真成了浩荡乾坤，升平世界。独有台湾郑经，抗志海外，偏不受清朝命令。先前耿精忠叛清时，与郑经同攻广东，耿精忠降清后，汀州、泉州、漳州等郡，皆为郑经所据。耿精忠与清亲王杰书，合军攻经收复各郡。郑经退守厦门，嗣复令部将刘国轩等，分路入犯，攻陷海澄，围攻漳、泉各州。巡抚吴兴祚与将军赖塔，出兵泉州，总督姚启圣与提督杨捷，出兵漳州，郑军始退。
康熙十九年（1680年）正月，清福建水师提督万正色率舟师进攻金、厦。郑经以右武卫林陛督师抵御，刘国轩部亦自海澄来援，战皆不利，郑经率诸将回台湾。
将军赖塔意欲招抚郑经，省得再来缠扰，遂着人致书郑经，准照朝鲜事例，“不剃发，不登岸，称臣入贡，俾沿海生灵永息涂炭”。郑经得书，复请如约，只要把海澄县作为互市公所。赖塔倒也有意允许，不意总督姚启圣，偏说出许多后患，坚持不可，和议暂被搁置。奈何郑经于康熙二十年（1681年）三月去世。
郑经有子数人，长子郑克臧最贤，颇知礼贤下士，郑经率师西征时，郑克臧奉命监国，由其岳父陈永华辅政。郑克臧年少，但明敏果断，有他祖父延平文王郑成功之风。在陈永华辅助下，郑克臧治理井井有条，凡事坚持原则。
郑克臧方正有为，因此被曾为“东宁贤主”，让他的叔叔以及奸邪之人深为畏惧，害怕由郑克臧继位，对自己不利。郑克塽的岳父冯锡范等打算拥立其弟郑克塽。郑经一死，冯锡范便带头以传闻“监国非郑经真血脉”为辞，与郑经之弟郑聪等人共谋，说服郑成功之妻董氏在北园别馆（今台南开元寺）废掉郑克臧的监国职位，但是郑克臧不肯交出监国印玺。冯锡范等人派人将其绞死，而这场政变距郑经死亡仅两天。郑克臧妻陈妃已怀有身孕，也绝食数日后上吊殉死。
众人拥立郑经次子郑克塽为主，袭爵延平郡王。克塽幼弱，不能理事，诸事统由冯锡范决断。锡范骄横不法，大失人心。谍报传入清廷，闽督姚启圣非常得意，想乘此吞灭台湾。
姚启圣字熙止，号忧庵，浙江会稽（今浙江绍兴）人，隶汉军镶红旗。从小有豪侠之气。顺治初年，清军占领江南。姚启圣前往通州，为当地土豪侮辱，因而投效清兵，被委任为通州知州。因擅开海禁，罢官从商。三藩之乱后，捐资募兵，投入康亲王爱新觉罗·杰书麾下，屡献奇谋。康熙十五年（1676），劝降耿精忠，迁福建布政使。康熙十七年（1678年），升任福建总督，负责平台事宜。康熙十九年（1680），与湖南水师万正色率兵攻克海澄，收复金厦，迫使郑经退兵澎湖，授兵部尚书衔、少保兼太子太保、右都御史。
适值台湾内乱，姚启圣立即奏了一本，说是台湾主少国危，时不可失。康熙帝便令各大臣会议，内阁学士李光地请即照准，康熙帝遂降旨准奏。姚启圣复力保降将施琅，材可大用，得旨授施琅为福建水师提督，加太子太保衔。
施琅本是郑成功的得力助手，郑成功手下曾德得罪了施琅，施琅借故杀曾德而得罪了郑成功，郑成功诛杀了施琅父亲与弟弟。由于亲人被郑成功杀害的大恨，施琅投降了清朝。
从施琅的自身条件来看，他的确是攻台清军主将的合适人选。首先，施琅生长在海边，自幼随父从事海上贸易活动，精通航海，对海疆的气候、地理等方面的情况了若指掌。从军后，转战东南沿海，有丰富的海战经验。其次，施琅通晓兵法、战阵，并一贯主张以武力统一台湾，所以多年来精心谋划对台用兵方略，提出“因剿寓抚”的战略方针及一整套实施方案，不但周密完备，而且是切实可行的。第三，施琅是从郑氏阵营中反叛出来的，他熟悉台湾郑氏集团内情，他的智勇韬略也一向为郑军官兵所畏惧。他在郑氏集团中的故旧很多，为他争取内应和进行情报工作提供了便利条件。第四，施琅不但是武力统一的坚决拥护者，而且对统一充满信心。
施琅习知海上险要，他回到厦门后，便日以继夜，废寐忘食，一面整船，一面练兵，兼工制造器械，亲自挑选工匠和船，历时数月，使原来全无头绪的水师船坚兵练，事事全备。练成水师军二万，分载战船三百艘，指日攻打台湾。
会彗星出现，尚书梁清标，及给事中孙蕙，疏陈天象告警，不宜用兵，有诏暂停进剿。施琅力主出师，朝议又迁延数月。到康熙二十二年，因施琅屡次上奏，遂如所请。