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营，两万虎步营，都由孙传庭直接率领，另有五万常规军，除了驻扎在黄河潼关一线，还有北边的宣府大同一代，要防着蒙古。
北京军区的七杀卫也重新扩增到三万，由吴三桂率领，北方地区已经万无一失，李云崖未雨绸缪，建议防备东南，于是新成立南京军区，由满桂任总司令，统领两万陆军，一万水兵，势力沿长江一带，坐镇江浙湖广。另设立广州军区，由曹变蛟任总司令，统兵五万，其中三万是海军，为将来攻略东南亚做准备。
朱由检给国防部规定了一个新的任务：“各军区成立起来以后，要开始剿匪，凡流寇、山匪、水贼等，一律剿灭，五年之后，各军区境内不得再有二十人以上的匪患！”至于二人以下的，由李云崖敦促公安部追剿，只有治安好了，工商业才能发达，工商业流通起来，国家才能富强。
国防部之后是外交部，朱由检告诉外交部的官员：“给朝鲜、日本、琉球、吕宋、爪哇、真腊、缅甸等二十六国传信，让他们于崇祯八年端午之前派使节进京朝贡，不然将来六师移之！”
然后是监察部，朱由检接受了李云崖的意见，任命了十二个巡按钦差，分别来自不同派系，不同阶层，各领一组人马，赐尚方宝剑，到各地方彻查那些巡抚、知府、布政使等官员，中央已经整理的差不多了，下一步开始整治地方，朱由检要下重手，彻底给那些治国无方，扰民有术，阴奉阳违的官员们点颜色看看！
朱由检事先做了充足的准备，把三个部门的构架体系，行为规则，人事任命全都捋得清清楚楚，说完之后又简单地询问了三位部长的意见，然后进行分组讨论，其中有需要其他部会配合的，譬如巡视组要公安部和法务部配合，国防部要民政部配合等，这个时候可以提出来，李云崖跟朱由检两个大领导牵头，共同研究解决。
单这些事忙活了一天，晚上各部会首长住在太和宫的客房里面，太和宫共有九层，开会的地点在最顶层，下面五层都是客房，三楼四楼是各种规格的会议室，二楼是餐厅。
李云崖跟朱由检同进同出，李云崖劝朱由检尽量不要搞特殊化，朱由检从善如流，他也认为现在有功名的士人都不肯出仕，自己更应该做出一副仁君亲贤的样子，于是一个伺候的人都不带，经过李云崖几年时间的潜移默化，他已经完全能够自己处理日常生活了。
两人跟着各部官员一起到二楼吃饭，半路遇到徐光启，带着宋应星、孙元化、徐霞客等几个院士，一群人连忙见礼，朱由检说：“徐院长年纪大了，应该让人把晚膳送上来，不然的话这样来回爬楼，实在是太累人了。”
徐光启连忙躬身谢恩，李云崖把他拽住：“徐院长年纪才不大，今年七十一岁吧？七十二了？才七十二岁！你看人家孙部长，比你小一岁，那身子骨，一口气上九楼，不费劲。”
徐光启苦笑：“孙大人常年领兵，铁骨铮铮，非我这文弱书生可比。”
“人啊，得多运动才行，这个太和宫，每天爬三次，保你能活九十九，吃完饭爬楼还能助于消食。”李云崖又转向宋应星，“宋院士，上次说的那个大型蒸汽机什么时候能做出来？”
“不容易啊。”宋应星满脸惭愧，“火车用的还好，您要放在船上，能够带动螺旋桨推着四五百料的大船，还是身装铁甲的战船在海里跑，那个需要的力道实在太大了，我们去年做出来试验了一把，十二个蒸汽锅炉同时工作，那船跑得比人走的还慢。”
“没关系，只要有进展行，火车头还要继续改造，我们未来还要建很多的铁路，除了正在建的通山西和辽东的两条，今年还要建通郑州的京郑铁路，通南直隶的两京铁路，如果合适还要继续往南修，一直修到广州，照着这个目标往前努力，哪怕搞一百年也要搞出来，火车的动力和速度都要提上来，还有安全性，现在只是用来拉货，以后要做拉人的客车，你们任重道远。”
朱由检对于火车和轮船都很感兴趣：“等修成了是不是可以从北京直接坐车到岭南了？”
李云崖点头：“是，但是速度会很慢，得跑个两天两夜吧，吃住睡觉都在火车上，嗯，到时候咱俩弄个专列，弄个豪华车厢，一起去广州吃荔枝。”
朱由检说：“荔枝也还罢了，我是想看看那弗朗基跟荷兰的红毛鬼是什么样子，也见识见识真正的西洋诸国风俗人情。”