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利对两边都进行管理和指挥。
兵部被并入大都督府，史可法出任大都督府总督，内阁副总理的职务就空缺了出来。作为这几年工部一直锐意改革，发明创造无数，并建立无数国营工厂公司为国库收入做出重大贡献的奖赏，崇祯皇帝直接任命工部尚书刘源济升任内阁副总理的职务，并继续兼任工部尚书。
从此以后，南京内阁所属的六部，就只剩下五部了，分别是吏部、礼部、户部、刑部、工部。“兵部”这一部门就从此消失在明末的历史中，其职能全部被大都督府相关部门所接替。
为了方便军队的专业化管理，朱由检再次对郑成功的军队进行了分割。福州军区总司令的职务由撤销的兵部左侍郎练国事接任，郑成功专职训练管理他的海军部队，成为大都督府海军部部长兼海军总司令。
这个福州陆海军部队的分割，也就是遇到了忠君爱国的郑成功，才能毫无阻碍的执行下去。如果是其他将领，少不得要跟皇帝打一番官司。这就是朱由检当初为何要以暗杀的手段暗杀郑芝龙，将郑成功扶上位的原因。因为，只有郑成功才会那么听话，不折不扣的执行皇帝和朝廷的命令。
大都督府成立以后，朱由检就可以通过大都督府对全国的军队进行指挥和管理了，不用什么事都事必躬亲。
在成立大都督府的过程中，为了报复李自成两次派奸细给自己捣乱的卑鄙做法，朱由检也派了一百多名锦衣卫，作为特工潜入大顺国境内，给李自成捣乱搞破坏去了。
北方，大顺朝廷。
自从兵部尚书李岩统筹派人给大明朝使了两次绊子后，大家就在等着看大明朝的内乱。
但是，事与愿违，别说江南各省的王公贵族叛乱没给大明朝廷造成什么内乱，连席卷云南全省的土司叛乱也没有让大明朝伤筋动骨。
不仅没有伤筋动骨，大明朝还利用快速平定云南土司叛乱的辉煌胜利，用大明新闻报进行大规模的宣传，凝聚了江南各省百姓的民心。这个，就有点出乎大顺朝廷的预料了。
特别是云南土司叛乱，按李岩的谋划，冬季起事，大明朝廷是无法立刻出兵平叛的，只能等待来年春天以后再出兵。如此，就能给起事的土司叛军一个缓冲时间，加强实力，待来年春天再跟明军决战。
没想到，大明朝廷竟然使诈，在报纸上宣扬说他们不会冬季出兵，结果却在腊月三十除夕夜突然出兵平叛。那些起事的土司和叛军将领毫无准备，被打了个措手不及，除夕、春节短短两天，大多数叛军就被明军歼灭了。剩下的叛军也没坚持多久，短短两个月之内纷纷被歼灭。连实力最强、地理位置最险要的沙定洲也在三月二十二日投降了明军。
两次蛊惑大明内部地方势力叛乱的结果，都是被明军迅速扑灭，根本没对明朝造成什么太大的影响。而且，明军在平叛过程中使用的先进武器，威力可比李岩开始认为的要强悍得多了，让他根本无法忽视。
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