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元前206年，率兵攻入秦都咸阳，推翻了秦王朝的统治。嗣后项、刘又进行了长达四年的“楚汉战争”。
在公元前202年，刘邦最后击败项羽，登上皇位，建立了西汉王朝。经170年之后，至公元前32年汉成帝登基时，西汉王朝已走上没落之路。此后几十年间，在河南、四川、陕西和山东等地区接连不断燃起了人民群众反抗与斗争的烈火。况且，天灾与人祸并行。史载汉成帝时代，因饥馑而饿死在道路上的就有几百万人之多。后继的哀帝和平帝在政治上更为腐败，灾害更趋频繁。灾民四出逃亡，社会秩序大乱。
秦、汉两代在陈胜一吴广农民大起义、项羽一刘邦楚汉相争、绿林军大起义、赤眉军大起义、黄巾军大起义、巴郡农民大起义等大规模战争中人口多次迁徙流动，加之多次发生饥馑灾荒，四处逃难者难以计数。随着人口流动的狂潮迭起，林姓诸宗支也多次发生举族迁徙之事。离中原地区较远的山东地区相对集中地居住着较多的林姓子孙。史载有一大批齐鲁西河林氏后裔居住在临淄郡、济北郡和薛郡，这些郡域即今山东省曲阜、淄博、临清、茌平、泰安一带。齐郡邹县(今山东省邹城市)有林宪、林挚等名门望族寓居。
林宪是林坚的37世孙，在汉高祖二年(公元前205年)任职司隶校尉。当初秦始皇焚书时，他秘藏林姓宗谱于祖墓，使先世林姓传承次序在很长一段时期不致失传。林挚是林坚41世孙，在汉高祖七年(公元前200年)拜为燕相，封赐平棘侯，食邑千户，承传四代，十分显耀。在济水之东则居住着林封、林农、林祗、林胡和林谭等林姓世家。林封与林农父子在汉灵帝时代曾经遭遇董卓的陷害。董卓对汉灵帝说：“林姓豪强势力过大对汉室大有不利。”灵帝听信谗言，林姓宗族受害者甚多，林封、林农父子遂去官归隐于济水之东(今山东省淄博市附近)。
三国两晋南北朝时期的林氏迁徙
东汉末年汉王朝已经名存实亡，出现了群雄割据的局面，曹操占据了兖州，刘备占据了豫州，孙策及其弟孙权占据了扬州所属的江东，吕布占据了徐州，袁绍占据了冀州，刘焉占据了益州，刘表占据了荆州……经过长期而剧烈的混战，逐渐形成了曹魏、刘蜀和孙吴三大军事集团鼎足而立的局面，并分别建立起魏、蜀、吴三国分治政权。
又经过几十年惊心动魄的征战，以上三国先后都破灭了，却由司马炎揽得了大权。他于公元265年建立了晋王朝，改元为泰始元年，是为晋武帝。西晋王朝共历50多年，多次发生内乱，后期甚至出现了“五胡十六国”的混乱局面。北部及西部(指今内蒙古、蒙古、青海、西藏及四川地区)的少数民族(主要是氐、羌、匈奴、鲜卑、羯等族群)乘机向中原心腹进逼。晋怀帝永嘉五年(公元311年)，匈奴族建立的前赵政权攻入晋都洛阳。晋怀帝被虏，包括太子、朝官和兵民在内共计三万余人被杀。不久，怀、愍二帝相继被杀死。史称“永嘉之乱,五胡乱华“.
晋在淮河以北的土地，几乎全处于北方各少数民族控制之下。晋室不得已而南迁，重新立国于江南，史称“东晋”。司马懿之曾孙司马睿于公元317年在建邺(今江苏省南京市)称帝，成为晋室中兴之主，是为晋元帝。江南乃富庶丰饶之地，颇具吸引力。
原居住于北方的许多林姓裔孙也纷纷向我国南方转移，“衣冠南渡“,主要扩散地点在今江苏、浙江、江西和福建。如《晋书》所载：“洛京倾覆，中州仕女避乱江左者十之六七。”唐人林谓在《闽中记》写道：“永嘉之乱，中原仕族林、黄、陈、郭四姓先人闽。”移居江苏及福建的林姓支脉素以林礼祖孙(林礼，子林颖，孙林懋及林禄)最为彰显。林礼是林坚的80世孙，在晋怀帝永嘉元年(公元307年)任职中郎主簿，后升为太子太傅，由世居地博陵郡迁入徐州，遂成为徐州林姓望族之始祖。林颖是林礼之子，在晋愍帝建兴三年(公元315年)，由徐州别驾升任黄门侍郎，随司马睿渡江南巡，先寓居徐州，后定居下邳。林颖的长子林懋是林坚的82世孙，在晋愍帝执政时期曾任通宜散骑常侍、殿中侍御史和侍卫将军等职，后出任下邳郡(址在今江苏省睢宁县及邳州市)太守。林懋太守任满之后，鉴于时局动荡，便慎选下邳郡的梓桐乡定居下来。现今所见的林姓家谱，一般称林懋为“下邳林”的始祖。林懋有六个儿子，都当了大官，地位显贵，时人称之“六龙”。
林禄是林颖的次子，在西晋王朝中历任安东琅琊王府参军、给事中、黄门侍郎等职，曾随司马睿南渡。司马睿建立东晋王朝之后，他颇受晋元帝司马睿重用，历任招远将军、散骑常侍、合浦太守和晋安太守等职。林禄于东晋明帝太宁三年(公元325年)举家人闽，定居于晋安(郡治在今福建省福州市)，成为“晋安林氏”的开基始祖。林禄的子孙除寓居晋安郡侯官县之外，后因人丁繁衍兴旺，广泛分布于闽省各地，据称闽林裔孙今已发展到一千万人以上。
林披(林禄的十六世孙)林披家于莆田，在唐天宝十一年(公元752年)明经及第，被授于太子詹事一职。他先后娶妻3人，即郑氏、陈氏和朱氏。后来生子9人，分别为林苇、林藻、林著、林荐、林晔、林蕴、林蒙、林迈、林蔇。九人后来也都明经及第，并且都做了州刺史。由于州刺史又称州牧或牧守，兄弟9人合在一起，正好是“九牧”。在“八闽”之地独领风骚，因此被称为“八闽世泽，九牧家声”，或者称为“莆田九牧”、“九牧林家”等，以纪念这段颇为荣耀的历史。
“九牧”后代，自唐宋由莆田分衍到福建仙游、漳浦、福州、侯官、长乐、连江、泉州、漳州、永春、龙岩三明等地，以及广东潮州、梅州、韶州、广西横州等地，明清及近代更迁居世界许多地方，在林姓各支派拥有较大的影响。林姓族裔人口迁徙继东晋之后在南北朝时期又有发展。自晋室南渡以来政局不稳，社会依然动荡不安。晋安帝元兴二年(公元403年)，东晋八州都督桓玄谋反，企图颠覆东晋政权，自立为帝。东晋将领刘裕起兵讨伐桓玄，立下了战功。刘裕不断蓄积兵力，于晋恭帝元熙二年(公元420年)感到羽翼丰满，便取代晋朝政权，建立了宋朝，史称南朝宋武皇帝，开启了南朝170年的历史。南朝历经宋、齐、梁、陈四个朝代，国都均在建邺(今江苏省南京市)，偏安于南方半壁河山。而在北方则先后出现北魏、东魏、北齐、西魏、北周等政权，史家统称之为北朝，自北魏世祖太武皇帝统一北方之年(公元439年)算起至北周静帝大定元年(公元581年)为止，共计142年。上述南朝与北朝在中华大地对峙达百余年，兵戎相见，征战不已，民无宁日，林姓族人和其他姓氏人群的迁徙也不断发生。
自三国时期经两晋至南北朝时期，林姓宗族中名门望族的分布大致如下：在三国曹魏明帝时，林川家族居于徐州下邳(今江苏省睢宁县古邳镇)，林泰家族和林池家族居于济水之东(今山东省淄博一带)，林豫家族居于河东郡(今山西省夏县西北)。他们是当地的林姓望族。林川是林坚的72世孙，在明帝景初元年(公元237年)任职徐州刺史。林泰和林池都是林坚的73世孙。林泰在明帝青龙元年(公元233年)任职广威将军兼中书令。林池在明帝太和四年(公元230年)任职秦州刺史。林豫是林坚73世孙，在明帝景初三年(公元239年)任职河东郡(今山西省夏县西北)太守兼河南郡(今河南省洛阳市东)太守。明帝死后齐王曹芳继位。正始二年(公元241年)任命林奢为司隶校尉，尔后升职金城太守，居住在金城(今甘肃省永清县西北)，成为当地林姓名门望族。林奢是林坚的74世孙，他的儿子林冠在魏元帝景元五年(公元264年)任职秦州刺史，后升尚书令，同样显贵于金城。林坚的74世孙林道固在正始二年(公元241年)任谏议大夫，兼任吏部尚书，居于洛阳，世代相承为洛阳林姓望族。在三国时代，广陵林姓的世族一部分子孙留居于广陵郡(今江苏省扬州市西北)，也有流徙于魏国各地，即今陕西、河北、河南和山东等省份。原汉代“长安林姓望族”在三国时期寓居雍州(今陕西省西安市一带)为多，而“西河林姓望族”则以寓居鲁郡、青州、兖州、齐郡等地为多，这些居住点分布在今山东省曲阜、淄博、临清、茌平、泰安和郯城。至于两晋和南北朝时代，由于战乱和灾荒所逼，中原林姓士族有不少人渡过长江天堑，到南方避难逃生，落地生根之后重新发展成名门望族了。例如林礼、林颖等人迁入徐州，成为“徐州林”的开拓者，林懋成为“下邳林”的始祖，林禄人闽，成为“晋安林”开山鼻祖。原“晋安林”后裔林靖之是林坚的86世孙，在晋穆帝升平元年(公元357年)擢升雄战将军，后改调为建阳郡(今福建省建阳市)太守，卸任后遂定居建阳，成为建阳林姓开基祖。林坚的87世孙林宝也是“晋安林”的后裔，在南朝刘宋时代任建州刺史，乃定居于建州(今福建省建瓯县)，成为当地林姓望族。继续留居在早期祖居地(今山东、河北和河南等地)的有林道明、林胜、林遂之、林遁民、林逢勋、林显、林忠勋、林玉、林惠勋、林奇勋、林殊勋和林业等家族。林道明是林坚的63世孙，在北魏时代任清河(今山东省临清市)太守。林道明之子林胜，任北齐散骑侍郎，也居山东临清。林遂之是林坚87世孙，在晋孝武帝太元十二年(公元387年)任职南海县令，世居山东郯城。林遁民是林遂之的第八子，在南朝宋文帝元嘉三年(公元426年)任职给事中，后裔在郯城繁衍成望族。林逢勋与林显世居河北，承继博陵林姓大宗的地位。林逢勋是林坚的77世孙，在晋武帝泰始七年(公元271年)任职博陵郡太守，他的长子林显在晋武帝太康三年(公元290年)身兼博陵、安定、山阳三郡太守。他俩在博陵是晋初林姓声名荣耀的名门巨族。世居河南的林姓大户人家有林玉、林忠勋、林惠勋、林奇勋、林殊勋和林业。林玉是林坚的76世孙，在晋武帝泰始二年(公元266年)任职侍中，兼任司隶校尉。林忠勋、林惠勋、林奇勋和林殊勋都是林玉的儿子。林忠勋在晋惠帝永宁元年(公元301年)任职南阳(今河南省南阳市)太守。林惠勋在晋武帝咸宁元年(公元275年)任太尉兼太傅。林奇勋在晋武帝咸宁四年任职河南尹。林殊勋在晋惠帝永熙元年(公元290年)任职“太子洗马”，掌经籍，为太子侍从。林业是林坚79世孙，在晋惠帝永康元年(公元300年)任司马之职。他们在河南的南阳、洛阳一带都是林姓的名门望族。此外，在湖南和江苏地区也有林姓的显贵门第。林景是林坚的83世孙，在晋成帝咸和五年(公元330年)任通直郎。他跟随征南将军朱宝在乎南作战中立下战功，升任镇南将军、散骑常侍，并受封为桂阳郡(今湖南省郴州市)南平侯，后裔在桂阳寓居发展。例如：林景的长子林绥也受封为桂阳郡南平开国侯。林绥在晋成帝咸康八年(公元342年)任职车骑府参军，后在晋穆帝永和九年(公元353年)升任远略将军，两年后因立有战功擢升为散骑常侍，赐予侯爵。在建康府(今江苏省南京市)则有林遁民家族世居于斯。林遁民是林坚的88世孙，在南朝宋文帝元嘉三年(公元426年)任郡功曹转给事中，其子林玉珍则在宋孝武帝大明元年(公元457年)补功曹之职。在冀州(今江苏省连云港市)有林廷坚家族，是当地林姓名门望族。林廷坚是林坚的90世孙，在南朝梁时(公元502年至557年之间)任南冀州刺史，成为当地的权要，名闻遐迩。